Очистка воды осуществляется в несколько различных этапов, количество и последовательность которых зависят непосредственно от степени и характера ее загрязнения: Механическая очистка воды из скважины. Способ позволяет предотвратить загрязнение всей системы водоснабжения, что предполагает первичную установку мелкосетчатого фильтра, который позволит удержать основную массу примесей ила, песка, глины и других загрязнений. Электрохимическое окисление проводится для растворения загрязнений на органические и неорганические компоненты. Каталитическое осветление используется для вывода всех расщепленных вследствие окисления веществ, что позволяет осаждать и вымывать все мутные примеси со дна фильтра. Глубокая сорбция позволит удалить остаточные примеси всех веществ, устранить металлический вкус и сероводородный запах воды при помощи сорбентов с угольным волокном. При сильном загрязнении основного источника водоснабжения рекомендуется полностью откачать воду из резервуара и очистить стенки и дно от илистых слоев. Самым простым способом очистки скважины является использование вибрационного насоса с нижним водозабором, который можно применять самостоятельно на своем участке. Также в таких случаях применяются хлорсодержащие средства для уничтожения благоприятной среды вредоносных бактерий, но после такой дезинфекции химикатами вода потребует дополнительной первичной очистки.